Какой программой их можно объединить в один файл? Желательно сделать это методом "direct stream copy" - то есть без перекодировки. Название метода я привёл по аналогии с Virtual Dub, который, к сожалению, с mp4 не работает.
А это так принципиально объединить в один файл? Можно просто перегнать файл M4a в MP3 и импортировать звук в проект уже в MP3. Эту операцию делают почти все аудиоконвертеры.