Дело не в том, можно ли импортировать на таймлайн прогрессивные и интерлейсные кадры, а в том, что получится на выходе. Обычно разнородный по формату видеоматериал при выводе имеет некоторые проблемы с изображением, поэтому снимать лучше в каком-то одном формате или "p" или "i".